Lincoln Six-Echo et Jordan Two-Delta vivent dans une immense colonie souterraine régie par des codes stricts, qui ne laissent place à aucune forme de liberté individuelle. Ils savent deux choses. La première : ils partiront vivre un jour sur l'"île", seul endroit habitable sur la Terre, désormais ravagée par une catastrophe écologique ; la deuxième : tout ceci n'est qu'un mensonge.
Lincoln Six-Echo (Ewan Mcgrégor) et Jordan Two-Delta (Scarlett Johansen) mènent ensemble une lutte acharnée afin de sauver leur peau et de semer leurs poursuivants, plongés dans le monde extérieur qu'ils ne connaissent pas.
